【2025年最新】新築アパートの税金を完全解説—取得・登記・保有・運用のすべて

株式会社Riel　代表取締役
坂口 卓己（サカグチ タクミ）

宅地建物取引士として年間57棟の販売実績を誇り、東京都渋谷を拠点に新築アパートの企画開発から資金計画、満室運営、出口戦略まで一貫支援。豊富な現場経験と最新市況データを融合し、信頼とスピードを重視したサービスで投資家一人ひとりに最適な資産形成プランを提案する不動産投資のプロフェッショナル。
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新築アパート投資は、取得・登記・工事・保有・運用で「見えにくい税コスト」が連続して発生します。本ガイドは税目の全体像、軽減策、概算手順、納付カレンダー、実務チェックリストまで一気通貫。公式情報を根拠に、資金ショートと利回り悪化を未然に防ぎます。

新築アパートで発生する税金の全体像

建築から運用まで税目は移り変わり、所管や納付時期も異なります。フェーズごとに「誰に何をいつ払うか」を一覧化し、必要資金を前倒しで確保するのが安全策。国税・都道府県税・市区町村税を混同しないよう、工程表と同じ粒度で管理すると漏れを抑えられます。

フェーズ別：土地取得／契約／登記／引渡し／運用で発生する税負担

取得では不動産取得税、契約では印紙税、登記では登録免許税、工事・設計では消費税、保有では固定資産税・都市計画税、運用では所得税・住民税が主役です。支出ピークが重なる時期を読み、請負・登記・融資実行のタイミングに合わせて納付資金を別口でプールしておくと安定します。

税目と管轄の整理：国税・都道府県税・市区町村税

印紙税・消費税・所得税は国税、登録免許税も国税、取得税は都道府県税、固定資産税・都市計画税は市区町村税です。窓口の違いは手続きと納付日程に直結するため、担当者・提出物・期限を一枚にまとめると実務が滑らかになります。

フェーズ×税目×計算軸（早見表）

フェーズ	税目	課税主体	概算の計算軸	納付時期の目安
取得	不動産取得税	都道府県	建物・土地の評価額−控除	取得後数か月
契約	印紙税	国	契約金額区分	契約締結時
登記	登録免許税	国	評価額や借入額×税率	登記申請時
工事	消費税	国	工事・設計・設備×10%	支払時
保有	固定資産税・都市計画税	市区町村	評価額×税率（住宅用地特例あり）	年4期など
運用	所得税・住民税	国・自治体	不動産所得（収入−経費）	年次申告

フェーズ別に見る「かかる税金」

見えない税コストは見積誤差の温床です。代表税目ごとに要点と注意点を押さえ、公式根拠で最終確認。自治体差や法改正を踏まえ、引渡し前に再チェックすると精度が上がります。

土地・建物の取得時：不動産取得税

一度だけ課税され、建物は「評価額−新築住宅の控除」で算定、土地は住宅用地の軽減が効きます。住戸ごとに要件判定されるため、面積計画は設計初期から。取得後に納付書が届くため、竣工後のキャッシュに備えて別枠で確保しておくと安心です。

引用：東京都主税局

契約書作成時：印紙税

工事請負や監理契約の金額帯で税額が決まり、増額・変更契約にも印紙が要ります。電子契約は印紙税が不要となる取扱いが一般的で、コスト削減に有効。契約締結の直前に最新金額を確認し、貼付漏れや後追い修正を防ぐ運用が賢明です。

登記手続き時：登録免許税

所有権保存・移転、抵当権設定で課税。税率は登記の種類・特例の有無で変わります。評価額の見込みが出た段階で司法書士に二段階見積（着工前／竣工直前）を依頼し、必要書類は工事終盤から揃えると差し戻しを回避できます。

工事代金・設計費等：消費税（インボイス制度の確認）

工事・設計・設備には原則10%が課税。一方、居住用家賃は非課税のため、仕入税額控除は原則効かず建築時の消費税はコスト化します。請負先が適格請求書発行事業者か確認しつつ、非課税売上主体である点を前提に資金繰りを設計します。

引用元：国税庁

保有中：固定資産税・都市計画税

家屋の評価額と、土地の住宅用地特例で負担が決まります。小規模住宅用地は課税標準が大きく圧縮。評価替えの年は金額が動きやすいため、納付書到着時に課税標準の根拠を点検し、誤りや用途認定の齟齬がないか確認しましょう。 引用元：東京税務署

運用中：不動産所得の所得税・住民税

賃料−必要経費＝不動産所得に対して課税。減価償却・借入利息・管理委託費・修繕費の計上でキャッシュと税額が変わります。青色申告や損失繰越を組み合わせ、年内の見込み作成を秋口に行うと節税策の選択肢が広がります。

税負担を抑える主な特例・軽減措置

制度要件に合致すれば、取得・保有の税は大幅に圧縮可能。設計・登記・賃貸条件が決め手になるため、着工前から要件を織り込み、証憑を取り逃がさない体制を整えます。

不動産取得税の新築住宅特例の要件とチェックポイント

各住戸の床面積などの要件を満たせば、建物評価から一定額を控除。共同住宅は住戸単位の判定が基本で、併用住宅は非住宅部分が控除対象外です。図面・登記事項・現況に差が出ないよう、設計・現場・司法書士の三者で最終確認を行いましょう。

固定資産税の新築住宅減額（賃貸住宅）の対象と留意点

一定期間、家屋の税額が減額。共同住宅は40㎡以上/戸などの床面積要件があり、共用部の按分や店舗併用の按分がポイント。期限や届出を逃すと適用外になるため、引渡し前から書類準備を始めると失敗しにくいです。
引用元：横浜市

住宅用地の課税標準の特例（土地の税負担軽減）

住宅用地は課税標準が原則の3分の1、小規模（各戸200㎡まで）は6分の1まで圧縮、都市計画税も2/3・1/3に軽減されます。賃貸は「戸数×200㎡」で小規模枠が広がるため、配棟・戸数計画で保有税に差が出ます。敷地取得の段階から戸数計画とセットで検討しましょう。
引用元：国土交通省（地方税法抄）

長期優良住宅・省エネ基準などで得られる追加メリット

認定付与や省エネ性能で、取得・固定資産・登録免許税の優遇があるケースも。設計初期に費用対効果を比較し、税効果に加え入居訴求力の向上も織り込むと投資回収が早まります。

特例の横並び比較（要点早見表）

特例	主な要件	効果	期限/タイミング	よくある失敗
新築住宅の取得税控除	各戸面積等の要件	建物取得税の控除	取得後の申告期限内	面積不足・届出漏れ
新築住宅の固定資産税減額	40㎡/50㎡〜280㎡（形態で異なる）等	家屋税額1/2（面積/期間上限あり）	竣工後の所定期間	申告遅延・按分誤り
住宅用地の特例	住宅敷地に該当	土地の課税標準を圧縮	評価年度ごと	空家指定で適用外

概算の出し方とシミュレーションの考え方

「評価×税率−特例」の順で積み上げるとブレが小さくなります。評価の仮置き根拠を明示し、1.2倍の安全率を上乗せ。自治体差・評価替え・登記種別で差が出る箇所を事前に押さえます。

不動産取得税の概算ステップ

• 評価額の見込みと各住戸の要件可否を確認
• 控除額を差し引き、土地の住宅用地特例を併用
• 納付時期を見込んで手元資金を別口で確保

（概算例）
前提：建物評価額1,200万円、控除1,200万円→建物分0円、土地分は住宅用地特例後の課税標準×税率で算出。自治体の案内で申告期限を確認します。

登録免許税の概算ステップ（保存・移転・抵当権）

• 登記種別（保存/移転/抵当権）を確定
• 評価額・借入額を確定し税率を適用
• 司法書士見積を着工前・竣工直前の2回取得
  （ミニ表）保存：建物評価×率／移転：売買形態×率／抵当：債権額×率

固定資産税・都市計画税の概算ステップ（評価額の見方）

• 家屋は再建築費相当額ベース、土地は住宅用地特例で課税標準を圧縮
• 戸数×200㎡で小規模枠を最大化
• 評価替え年や負担調整の影響を加味
  （結果）戸数が増えるほど土地の保有税は軽くなり、長期の利回りに効きます。

消費税の取扱い：居住用賃貸の基本と仕入税額控除の可否
居住用家賃は非課税のため、建築時の消費税は原則控除不可。駐車場など課税売上の組み合わせで按分控除の余地はあるものの、投資判断を歪めない範囲で慎重に設計を。適格請求書の保存は工事段階から徹底します。

納付時期と資金繰りの実務

取得税は取得後に納付書、固定資産税・都市計画税は翌年度から定期的に納付。ローンに含めにくい税目が多いので、着工時点で「税金積立口」を作り、予定税額の1.2倍を目安にプールします。

竣工前後〜翌年度までの納付カレンダー（例）

月	主なイベント	実務対応
竣工月	表示/保存登記の準備	必要書類の最終確認・登録免許税資金の確保
竣工+1〜3か月	不動産取得税の納付書到着	期限管理・資金手当
翌年4〜6月	固定資産税・都市計画税の通知	口座振替設定・金額検算

ローンで賄えない税目と手元資金の確保

取得税・印紙税・登録免許税・保有税は原則現金流出。工事代金の消費税も支払時に出ます。支払予定に合わせて普通→当座へ段階的に移す運用で、資金ショートと延滞を防ぎます。

納付方法・口座振替・延滞時のペナルティ

口座振替で納期失念を防ぎ、残高アラートを設定。延滞が見込まれる場合は、早めに所管へ相談し分割納付等を検討。信用毀損を避けるため、到着日ベースで「即スケジュール反映」を習慣化します。

節税と申告の基本戦略

「証憑の整備・制度の選択・時期の設計」で王道の節税を実行。3年スパンの損益計画で、修繕・更新・入居率の山谷と税務を同期させます。

経費計上の範囲と領収書管理（外構・地盤改良・設計料など）

減価償却資産か修繕費かの判定が肝。外構・造成・地盤改良は資本的支出になりやすく、設計監理費・募集広告費・引渡し前の交通費等は必要経費に。契約書・請求書・領収書・検収書を紐づけ、査察に耐える台帳を維持します。

青色申告の活用（控除・専従者給与・帳簿体制）

青色特別控除、専従者給与、貸倒引当金などを活用。複式簿記と仕訳・総勘定元帳の整備は必須で、年内に会計を平準化すれば年末の節税策に時間を使えます。承認申請は期限厳守で。

減価償却と建物／設備の按分（耐用年数の考え方）

建物本体と設備を分けて耐用年数・方法を適用すると、キャッシュに優しい償却配分が可能。リニューアルは資本的支出/修繕費の線引きが税額を左右するため、仕様・金額・効果を事前共有して判定を固めます。

法人化の判断軸とメリット・デメリット

累進抑制、役員報酬設計、相続対策などの利点がある一方、社会保険・事務負担が増えます。所得水準・将来の棟数・家族の所得構成・金融機関の方針を踏まえ、実効税率と手間のトレードオフで決めましょう。

損益通算・繰越控除で赤字年のダメージを最小化

大規模修繕や空室期が重なる年は赤字化も想定。通算や青色欠損金の繰越で平準化し、将来黒字で吸収する設計を。年内の見込み作成を早め、対策の自由度を確保します。

減価償却の区分早見表

区分	例	耐用年数の傾向	方法
建物本体	鉄骨造 等	長め（法定年数）	定額法
設備	給湯・空調 等	短め	定率/定額

よくある落とし穴とリスク回避

形式と要件を外すと特例は適用されません。面積・戸数・用途・賃貸開始日・証憑の整合を事前に点検し、一発適用を狙います。

更地・空き家放置による税負担増への注意

空家等対策特措法に基づく勧告対象になると、住宅用地特例の対象外。土地の保有税が跳ねやすいため、老朽空室は修繕/建替え/売却を計画的に判断。特定空家等の指定回避が重要です。

床面積・戸数など要件不備で特例適用外になるケース

新築住宅の取得税控除・固定資産税減額は各戸面積や共同住宅の按分が鍵。住戸単位の判定を誤ると適用外。設計・登記・現況の差異がないかクロスチェックを行いましょう。

用途変更・賃貸開始日の取り扱いミス

賃貸開始が遅れたり、住宅以外の用途が混ざると、消費税や特例の前提が崩れます。契約条項・募集条件・用途定義を税制の取扱いに合わせ、工程管理で期ずれを防止します。

ミス→影響→対策（早見表）

ミス	影響	対策
各戸面積不足	取得税控除不可	設計初期に要件チェック
届出遅延	減額適用外	引渡し前から書類準備
賃貸開始の遅延	税前提が崩れる/CF悪化	工程と募集の同期

ケース別の税務ポイント

背景によって最適な手続と軽減は変わります。代表的な3ケースで勘所を先回りします。

親族から土地を相続・贈与して建てる場合

相続・贈与と新築の税が交錯。名義整理・地目変更・測量の遅れが建築日程と税特例に波及するため、遺産分割協議や登記準備を先行。評価や認定の証憑を取り落とさず、取得税・固定資産税の減免に繋げます。

建売アパートを購入する場合（契約・登記の違い）

請負と異なり売買契約→表示/保存→移転登記の流れ。消費税の扱い、評価額反映、印紙の貼付が変わります。引渡し日と賃貸開始日の整合を取り、稼働率と税効果を同時に最適化します。

ZEHや長期優良住宅で建てる場合の留意点

認定取得により、取得・固定資産・登録免許税の優遇が広がる場合があります。申請スケジュールを工程表に組み込み、検査・証明・登記の書類連携を前倒し。補助金の併用可否も同時に確認しましょう。

手続きとチェックリスト

申告・届出・家屋調査の段取りが軽減適用の成否を分けます。必要書類を工程表に紐づけ、担当・期限・保管場所まで一体管理を。

自治体への申告・家屋調査の流れ

新築時は家屋調査や減額の申告が必要です。引渡し直後は繁忙になりがちなので、完成検査や表示登記と同時に申請書を準備。混雑期を避けた予約・持参でスムーズに進みます。

必要書類インデックス（抜け漏れ防止用）

• 設計・請負・監理・変更契約書
• 検査済証、平面図、登記事項証明
• 評価通知書、賃貸借契約書、領収書一式
• 認定関連の証明（長期優良/ZEH等）
  保管は「紙の原本＋クラウドPDF」の二重化が基本です。

税理士へ相談すべきタイミングと準備資料

設計確定時、融資内定時、引渡し前後、決算前の4タイミングで確認。前提条件・工程表・契約・見積・募集計画・資金繰り表を共有すると、実効税率・キャッシュの最適化が進みます。

まとめ：税コストを「見える化」して建築後の収益を守る

取得・登記・工事・保有・運用の各段階で、要件の内側に設計し、証憑と期限を管理すれば、利回りの下振れを抑えられます。本ガイドの早見表・ステップ・チェックリストを工程表に組み込み、今日から数字とスケジュールで意思決定しましょう。